当发生专利或商标侵权行为时，当事人既可以请求行政管理机关处理，也可以通过法院，以诉讼方式解决纠纷。应该说这一具有中国特色的制度为制止商标与专利侵权行为、切实保护商标专用权与专利权发挥了巨大的作用。因此，这一制度一直为我国商标法与专利法所认可。持相反观点的人认为，行政管理机关作为行政诉讼的被告会有诸多弊端，因此，在这次为迎接入世而对包括商标法、专利法在内的知识产权法的修法活动中，针对理论界争议较大的关于商标行政管理机关、专利管理机关处理侵权纠纷的问题进行了较大的修改。但现行立法对这一制度的规定并不是就完美无缺，还需进一步完善。
一、现行立法及缺陷
从立法的规定可以看出，商标法与专利法对商标管理机关和专利管理机关处理侵权纠纷行为的性质进行了比较明确的界定，并规定了不同的法律效果。
第一，当发生侵权纠纷时，当事人可以请求管理机关处理，行政管理机关认定侵权行为成立的，可以做出责令停止侵权行为的决定。对于这一决定，专利法与商标法都明确规定，当事人不服的，有权提起行政诉讼。在行政法领域，行政管理机关的这一行为被称为行政裁决，这种行政裁决是行政机关的具体行政行为，做出决定的管理机关要承担行政诉讼被告责任。
第二，进行处理的行政管理机关根据当事人的请求，可以就侵权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以提起民事诉讼。行政法学界称行政机关的这种行为是行政调解。行政调解不同于行政裁决，它不具有强制力，行政机关不必为其调解行为承担行政诉讼被告责任。